MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Rhodopseudomonas palustris CGA009 plasmid pRPA

Total Repeats: 176

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005297	TTC	2	6	83	88	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_005297	CCG	2	6	110	115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_005297	TAAG	2	8	144	151	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_005297	GGT	2	6	183	188	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005297	GGT	2	6	194	199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_005297	T	6	6	239	244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005297	TGT	2	6	336	341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_005297	AATT	2	8	408	415	50 %	50 %	0 %	0 %	39840938
9	NC_005297	GCC	2	6	457	462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
10	NC_005297	CCCT	2	8	482	489	0 %	25 %	0 %	75 %	39840938
11	NC_005297	TGCG	2	8	534	541	0 %	25 %	50 %	25 %	39840938
12	NC_005297	CGC	2	6	644	649	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
13	NC_005297	GATA	2	8	664	671	50 %	25 %	25 %	0 %	39840938
14	NC_005297	TGA	2	6	691	696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840938
15	NC_005297	ACG	2	6	747	752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840938
16	NC_005297	TGG	2	6	808	813	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840938
17	NC_005297	TGA	2	6	817	822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840938
18	NC_005297	GT	3	6	825	830	0 %	50 %	50 %	0 %	39840938
19	NC_005297	GGC	2	6	859	864	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
20	NC_005297	CCGC	2	8	870	877	0 %	0 %	25 %	75 %	39840938
21	NC_005297	TGATGG	2	12	886	897	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	39840938
22	NC_005297	GGC	2	6	920	925	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
23	NC_005297	GTC	2	6	943	948	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840938
24	NC_005297	CGC	2	6	949	954	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
25	NC_005297	GCG	2	6	959	964	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
26	NC_005297	GGC	2	6	1008	1013	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
27	NC_005297	GCC	2	6	1133	1138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
28	NC_005297	TAA	2	6	1147	1152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	39840938
29	NC_005297	TTTCA	2	10	1160	1169	20 %	60 %	0 %	20 %	39840938
30	NC_005297	TGA	2	6	1174	1179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840938
31	NC_005297	CATC	2	8	1219	1226	25 %	25 %	0 %	50 %	39840938
32	NC_005297	CGT	2	6	1234	1239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840938
33	NC_005297	TGG	2	6	1261	1266	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840938
34	NC_005297	GAA	2	6	1271	1276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	39840938
35	NC_005297	CGT	2	6	1288	1293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840938
36	NC_005297	CGG	2	6	1298	1303	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
37	NC_005297	GGC	2	6	1390	1395	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
38	NC_005297	CTCAAG	2	12	1430	1441	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	39840938
39	NC_005297	CGG	2	6	1455	1460	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
40	NC_005297	CGG	2	6	1470	1475	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840938
41	NC_005297	CGC	2	6	1526	1531	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840938
42	NC_005297	TC	3	6	1535	1540	0 %	50 %	0 %	50 %	39840938
43	NC_005297	T	7	7	1563	1569	0 %	100 %	0 %	0 %	39840938
44	NC_005297	CG	3	6	1597	1602	0 %	0 %	50 %	50 %	39840938
45	NC_005297	GCG	2	6	1720	1725	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_005297	ATG	2	6	1857	1862	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_005297	GC	4	8	1990	1997	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_005297	GAT	2	6	2069	2074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005297	GCG	2	6	2096	2101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
50	NC_005297	TGGA	2	8	2123	2130	25 %	25 %	50 %	0 %	39840939
51	NC_005297	CCT	2	6	2148	2153	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840939
52	NC_005297	CGG	2	6	2154	2159	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
53	NC_005297	CTGCC	2	10	2191	2200	0 %	20 %	20 %	60 %	39840939
54	NC_005297	GCGA	2	8	2246	2253	25 %	0 %	50 %	25 %	39840939
55	NC_005297	GAC	2	6	2261	2266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840939
56	NC_005297	GCC	2	6	2276	2281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840939
57	NC_005297	CGG	2	6	2308	2313	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
58	NC_005297	GTCG	2	8	2399	2406	0 %	25 %	50 %	25 %	39840939
59	NC_005297	CG	3	6	2405	2410	0 %	0 %	50 %	50 %	39840939
60	NC_005297	CGG	2	6	2427	2432	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
61	NC_005297	CGG	2	6	2547	2552	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
62	NC_005297	GTCGAG	2	12	2629	2640	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	39840939
63	NC_005297	GGC	2	6	2668	2673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
64	NC_005297	GGC	3	9	2683	2691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840939
65	NC_005297	GGT	2	6	2695	2700	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840939
66	NC_005297	T	7	7	3005	3011	0 %	100 %	0 %	0 %	39840940
67	NC_005297	GCG	2	6	3019	3024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840940
68	NC_005297	GAG	2	6	3093	3098	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840940
69	NC_005297	TCGC	2	8	3130	3137	0 %	25 %	25 %	50 %	39840940
70	NC_005297	AAC	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	39840940
71	NC_005297	GAG	2	6	3156	3161	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840940
72	NC_005297	GAT	2	6	3189	3194	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840940
73	NC_005297	TCG	2	6	3247	3252	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
74	NC_005297	CG	3	6	3256	3261	0 %	0 %	50 %	50 %	39840940
75	NC_005297	CTG	2	6	3296	3301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
76	NC_005297	TGACG	2	10	3335	3344	20 %	20 %	40 %	20 %	39840940
77	NC_005297	CGGT	2	8	3412	3419	0 %	25 %	50 %	25 %	39840940
78	NC_005297	TGGC	2	8	3478	3485	0 %	25 %	50 %	25 %	39840940
79	NC_005297	GCT	2	6	3493	3498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
80	NC_005297	GCG	2	6	3499	3504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840940
81	NC_005297	CGGAC	2	10	3516	3525	20 %	0 %	40 %	40 %	39840940
82	NC_005297	TGT	2	6	3585	3590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840940
83	NC_005297	GTT	2	6	3618	3623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840940
84	NC_005297	GTC	2	6	3648	3653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
85	NC_005297	CTT	2	6	3701	3706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840940
86	NC_005297	CTT	2	6	3714	3719	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840940
87	NC_005297	TGC	2	6	3861	3866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840940
88	NC_005297	GGC	2	6	3991	3996	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
89	NC_005297	ATGG	2	8	4007	4014	25 %	25 %	50 %	0 %	39840941
90	NC_005297	GCA	2	6	4017	4022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840941
91	NC_005297	CGG	2	6	4165	4170	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
92	NC_005297	GGC	2	6	4291	4296	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
93	NC_005297	GGT	2	6	4313	4318	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840941
94	NC_005297	GTC	2	6	4358	4363	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840941
95	NC_005297	TGA	2	6	4389	4394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840941
96	NC_005297	TCT	2	6	4399	4404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840941
97	NC_005297	TGC	2	6	4565	4570	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840941
98	NC_005297	GCTGG	2	10	4591	4600	0 %	20 %	60 %	20 %	39840941
99	NC_005297	GCC	2	6	4626	4631	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840941
100	NC_005297	TTGA	2	8	4682	4689	25 %	50 %	25 %	0 %	39840941
101	NC_005297	CCT	2	6	4753	4758	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840941
102	NC_005297	TGA	2	6	4792	4797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	39840941
103	NC_005297	TGG	2	6	4873	4878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840941
104	NC_005297	CGC	2	6	4897	4902	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	39840941
105	NC_005297	GCG	2	6	4970	4975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
106	NC_005297	TGG	2	6	4994	4999	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840941
107	NC_005297	GGC	2	6	5008	5013	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
108	NC_005297	GCG	2	6	5108	5113	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
109	NC_005297	GC	3	6	5121	5126	0 %	0 %	50 %	50 %	39840941
110	NC_005297	GGC	2	6	5171	5176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
111	NC_005297	GC	3	6	5264	5269	0 %	0 %	50 %	50 %	39840941
112	NC_005297	CCA	2	6	5292	5297	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	39840941
113	NC_005297	CCT	2	6	5344	5349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840941
114	NC_005297	AGG	2	6	5381	5386	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840941
115	NC_005297	GCA	2	6	5425	5430	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840941
116	NC_005297	CGT	2	6	5464	5469	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840941
117	NC_005297	TGCA	2	8	5482	5489	25 %	25 %	25 %	25 %	39840941
118	NC_005297	CGG	2	6	5515	5520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
119	NC_005297	GTAA	2	8	5537	5544	50 %	25 %	25 %	0 %	39840941
120	NC_005297	CGCC	2	8	5590	5597	0 %	0 %	25 %	75 %	39840941
121	NC_005297	GGC	2	6	5650	5655	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840941
122	NC_005297	GC	3	6	5671	5676	0 %	0 %	50 %	50 %	39840941
123	NC_005297	CCT	2	6	5744	5749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840941
124	NC_005297	CG	3	6	5752	5757	0 %	0 %	50 %	50 %	39840941
125	NC_005297	GTT	2	6	5781	5786	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	39840941
126	NC_005297	TCG	2	6	5888	5893	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_005297	CTG	2	6	5920	5925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_005297	CGG	2	6	5929	5934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_005297	AGG	2	6	5937	5942	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	39840942
130	NC_005297	TCG	2	6	5967	5972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840942
131	NC_005297	CG	3	6	6031	6036	0 %	0 %	50 %	50 %	39840942
132	NC_005297	GCTGG	2	10	6048	6057	0 %	20 %	60 %	20 %	39840942
133	NC_005297	GGCGCG	2	12	6100	6111	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840942
134	NC_005297	TGG	2	6	6135	6140	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	39840942
135	NC_005297	GGC	3	9	6154	6162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840942
136	NC_005297	CCT	2	6	6246	6251	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	39840942
137	NC_005297	GC	3	6	6289	6294	0 %	0 %	50 %	50 %	39840942
138	NC_005297	CAG	2	6	6316	6321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	39840942
139	NC_005297	GCG	2	6	6341	6346	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	39840942
140	NC_005297	CTT	2	6	6352	6357	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	39840942
141	NC_005297	GCT	2	6	6429	6434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	39840942
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172	NC_005297	ACC	2	6	8136	8141	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
173	NC_005297	GC	3	6	8168	8173	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
174	NC_005297	TTC	2	6	8178	8183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_005297	AGA	2	6	8204	8209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
176	NC_005297	TGG	2	6	8354	8359	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.